立文元年七月，叶青在长平起兵反叛，在夺取了长平附近的南庸关、密柔、怀云、遵州、永平等州县后，叶青又带兵攻打太宁。得知这一消息，当时主掌朝政的首辅大臣刘东海派邓飞带领朝廷军直扑空虚的长平而来。
朝廷军在长平城下发起了一次又一次的进攻。朝廷军有十多万人，而长平城内连老幼孱弱都算上也不及一万，面对敌众我寡的危险局势，高皇后沉着冷静地与留守长平的守城将士一起谋划，部署守城各项事务，号召全体守城将士誓死守城，等待叶青回师。
长平保卫战充分体现了高皇后的有胆有谋、沉着机智。
立文三年八月，叶青攻占金陵城夺取了皇位，高皇后也随之离开了生活六年的长平回到金陵城。同年十月，她被册封为皇后。高皇后读过许多史书，深知治国之道须得关心百姓的疾苦，她提醒叶青：连年战争，兵民疲惫不堪，为政应当宽俭，务必要使百姓得以休养生息。她还建议叶青爱护与培养人才，在选拔任用时，不要分什么新旧，要一视同仁，一体擢用。
在如何选拔地方官方面，高皇后也有建议，她道：地方官贤明与否，关系着一个地方的民生安危，不能仅仅循资历来选拔地方官。对于那些才能突出的人才要破格任用，而那些才能一般的人，也要根据他们的资格来任用，这两种选拔方法同时使用，必然会取得较好效果。她在政治上显示出的卓越见识，令叶青十分欣赏，因而她所提的建议也多被采纳。
永丰二年秋天，由于长期的劳累与操心，高皇后突然病倒，经御医多方调治无效诀别人世，享年二十五岁。高皇后死讯传出，朝中上下无不为之惋惜、痛哭，叶青更为失去这样出色的皇后而悲恸万分。他在天台、灵禧二寺设大斋，听群臣拜祭，并为她举行了隆重的葬礼，上谥号仁孝文皇后。