萧宝卷为萧鸾次子，其生母刘惠端（萧鸾正妻）早亡，由潘妃抚养。他自幼口吃，又不喜读书，整天只知道玩闹，经常在东宫和侍卫们一起挖洞捉老鼠，弄得通宵达旦。萧鸾却也不怎么管他。萧鸾的长子萧宝义庶出且残疾，难以承接帝位。
公元494年，册立萧宝卷为皇太子。
公元498年9月1日，齐明帝萧鸾去世，太子萧宝卷继位，成为南朝齐第六位皇帝，改元永元。
起初，萧鸾担心萧宝卷心机不够，将来驾驭不了那些宗室叔伯兄弟们。萧鸾以阴谋手段篡夺帝位后，滥杀齐高帝、齐武帝的子孙以巩固帝位。萧鸾临死之时，告诫萧宝卷“做事不可在人后”，果于诛杀，以免重蹈当初没有果断谋杀萧鸾的废帝郁林王萧昭业的覆辙。萧宝卷对此牢记在心。登基之后就用一番行为将之发扬光大。
公元499年，封潘妃之侄女潘玉儿为贵妃。萧宝卷性格内向，很少说话，不喜欢跟大臣接触，常常出宫闲逛。每次出游，一定要拆毁民居，驱逐居民。后宫失火被焚，就新造仙华、神仙、玉寿三座豪华宫殿。并且大量赏赐臣下，造成国家的财政困难。
南朝皇帝大多奢侈腐靡，萧宝卷尤甚。萧宝卷极其吝啬钱财，特别喜欢干屠夫商贩之类的事情。曾在宫苑之中设立市场，让宦官杀猪宰羊，宫女沽酒卖肉。潘妃充当市令，自己担任潘妃的副手，遇有急执，即交付潘妃裁决。
萧宝卷在位的时候，他一月中有20多天要出外，有时白天，有时夜晚，“入富室取物，无不荡尽”，他又不愿被人看见，谁遇上就要被格杀。因此地方官员时刻留意，每见他出宫立即奔走呼叫驱逐百姓，使道无行人，铺存空屋，一时“工商莫不废业”。
萧宝卷禀承父训，对宰辅大臣稍不如意立即加以诛杀，逼得文官告退，武将造反，京城几度岌岌可危。齐宣德太后的懿旨中指斥他。萧宝卷也杀害不少的大臣，即位之后便杀害顾命大臣右仆射江祏、司空徐孝嗣、右将军萧坦之、领军将军刘暄等人。也由于萧宝卷的昏暴，导致发生始安王萧遥光、太尉陈显达与平西将军崔慧景的先后起兵叛乱，但都兵败被杀。