文献中存在的所有关于大洪水的传说，最早是巴比伦的，或者更准确地说，是苏美尔的。就我们目前所知，巴比伦的这个传说本身是巴比伦人从他们更远古的祖先苏美尔人那里借用过来的，居住在巴比伦的闪米特人看来向苏美尔人学到了他们文明的主要成分。
西方学者自古代起就知道了巴比伦的大洪水传说，因为巴比伦历史学家贝罗索斯于公元前3世纪上半叶编写自己国家的历史时对此有所记载。贝罗索斯用希腊文写作，而且他的著作没有流传下来，但其中的某些片段因后来的希腊历史学家而得以保存，幸运的是，在这些片段中有他关于大洪水的记述。故事是这样的：
大洪水发生在巴比伦第十代国王克西苏特鲁斯统治时期。克洛努斯神在他梦中显身并警告他说，所有人都将在马其顿历八月十五日这一天遭大洪水吞没。因而神吩咐他记录下世界开始以来的历史，并把它埋在太阳城锡帕，使之得以保存。另外，他还嘱咐国王建造一艘大船，和自己的亲属朋友一起乘坐上去，带上足够的粮食和饮水，以及家禽和四条腿的动物，一切就绪以后就让船漂浮出发。而当国王问起：“我们将漂往哪里呢？”神回答他说：“你们会漂向众神，但是你首先必须祈祷，让神降福于人。”于是国王听从神的话，建了一艘五弗隆长、二弗隆宽的大船；等到他筹备好所有需要的东西并把它们放上船之后，把自己的孩子和亲朋好友也弄上了船。洪水一过，水势立即稍减，克西苏特鲁斯放出了几只鸟。
但鸟儿遍地找不到食物和落脚之处，只好重新飞回船上。过了几天，克西苏特鲁斯再次把鸟放出，可它们又飞回船，不过这一次它们脚上沾上了黏土。当第三次把鸟放飞的时候，回船的鸟就不多了。这时候克西苏特鲁斯就明白，大地已经从水中重新浮现，于是便拨开船侧的缝隙向外看，真的发现了陆地，他就把船停泊在一座山上，并和妻子、女儿和舵手一起踏上了陆地。他向土地表示膜拜，建了一座祭坛，当他送上献神的祭品后，就与船上随他登陆的那些人一起消失了。留在船上的人发现国王和随他而去的人没有回来，也纷纷登上陆地找他，高呼他的名字，但哪儿也找不到克西苏特鲁斯。此时天上传来一个声音，命令他们敬畏众神，因为国王本人由于自己的虔诚而与神共同生活在一起，他的妻子、女儿和舵手也受到同样的荣耀。那个声音还吩咐他们到巴比伦去，找到他们曾经埋在那里的古书，并把它传播到民众之中。那个声音还告诉他们，他们如今所在之国名叫亚美尼亚。听了这些话以后，他们就为神献上牺牲，然后徒步回巴比伦去。可是那艘停泊在亚美尼亚山上的大船的遗骸现今仍在，有些人从上面剥下松香用来护身。这样，回到巴比伦的人们挖出了埋藏在锡帕城的古书，建起了许多城池，恢复了神庙，重新住满了巴比伦。
用奥古斯都和希律大帝的同时代人和朋友、希腊历史学家尼古拉（大马士革的）的话说，“在亚美尼亚的米亚斯上有一座大山，名叫巴利斯，据说有许多从大洪水中逃脱的人在山上避难并生存下来；这些人还谈到有一个人乘方舟降落在这座山的顶上，而那艘木制大船的残骸还保存了很长时间。这个人大概就是摩西提到的那个犹太人的立法者本人。”大马士革的尼古拉是从巴比伦还是从犹太传说中获得这些信息的，尚有疑问；而提到摩西则看来表明作者熟悉《创世记》中的故事，他可能很容易从他的庇护人希律大帝那里了解这个故事。
在许多世纪里，西方学者只能通过保存下来的贝罗索斯著作的希腊文残篇来了解关于大洪水的巴比伦传说；现代人用它来恢复真正的巴比伦原本，而后者来自失传已久的亚述古文献。19世纪值得自豪的尼尼微发掘，对古代史研究具有划时代的意义，在挖掘过程中，英国的研究者非常幸运地发现了亚述巴尼拔大王的一部分重要藏书。他的统治时期在公元前669-前626年，此时亚述帝国正处于落日的余晖之中。它的威权让尼罗河两岸各民族胆战心惊，它用富丽堂皇的建筑装点自己的首都，在其宫墙之内汇集了来自远近各国的大量文献，有历史的、自然科学的、语法学和宗教学的，用来教化自己的民众。这些文本相当部分源自巴比伦原本，是楔形文字镌刻的软泥板，后来在藏书室里烧制并保存。藏书室显然位于王宫的上层，它在城市最后一次遭到劫掠的过程中毁于大火并倾覆，其中的泥板也变成了碎片。其中大部分因遭高温火灼已经开裂和焦黑。最近，道斯特斯威伍尔之流的一批寻宝人洗劫了遗址，他们在其中搜寻的不是科学研究的珍品，而是金银财宝，他们的行为使这些珍贵的古文献遭到进一步的破坏和毁损。雨水每年春季渗入地下，富含各种化学成分的水浸泡泥板，形成裂缝并沿裂缝结晶，随着结晶体的增加，就把本来已经破损的泥板裂成了更小的碎片，使泥板完全毁坏。但是多亏了不列颠博物馆馆员乔治·史密斯的辛勤劳动，将大量碎片拼缀起来，才重新整理出如今着名的史诗《吉尔伽美什》的十二篇诗歌，或者准确地说是十二块泥板，其中的第十一块含有关于大洪水的巴比伦传说。这一伟大的发现是史密斯在1872年12月3日的《圣经》考古学会会议上宣布的。
亨利·罗林森爵士机智地猜测，长诗《吉尔伽美什》的十二篇诗歌对应于黄道十二宫，因此长诗故事其实应该按照一年十二个月中的太阳运动而发展。长诗中有一处在某种程度上证实了这个理论，这是叙述洪水传说的第十一篇诗歌；因为巴比伦的11月正好处于多雨季节，这个月是纪念风神拉曼之月，其称呼据说含义是“雨咒之月”。即使如此，传说在这里是一段单独的情节或插曲，与长诗其余内容完全没有任何有机联系。
请看其开头：长诗主人公吉尔伽美什的好友恩基杜死了，吉尔伽美什自己也患了重病。主人公悲哀往事，担忧未来，他决定要找到乌巴拉图图的儿子、自己的远祖乌特纳皮什替姆，并向他打听凡人如何才能获得永生。他认定乌特纳皮什替姆应当知道这个秘密，因为乌特纳皮什替姆本人已经像神一样，现在生活在远方某地，无忧无虑，长生不老。为了找到他，吉尔伽美什必须完成艰难而危险的旅途。他必须经过雌雄同体的蝎子把守的一座高山，那里是落日之处；他沿着人迹未至的黑暗和可怕的道路前进；他乘船渡过浩淼的大海；他从狭窄的桥上经过死亡之河，最后来到了乌特纳皮什替姆面前。但是当吉尔伽美什向自己伟大的先祖提出人怎样才能长生不老的问题时，他得到的是令人沮丧的回答，这位德高望重的哲人告诉他，人不可能永生。
这番话出自一个曾经是人，而如今已经拥有不朽之躯的长者之口，着实让人吃惊，吉尔伽美什当然要问自己尊敬的亲属，他是怎样逃避了人所共有的命运。对这个问题，乌特纳皮什替姆讲了下面这个大洪水故事作答：乌特纳皮什替姆对吉尔伽美什说：“哦，吉尔伽美什，我想向你透露坦诚的心声，我将向你宣示神的意图。你知道位于幼发拉底河畔的述利帕克城，这座城很古老；里面住着众神，它们力促大神们降下洪水。众神之父是安努，众神的谋士和武士是恩利尔，信使是尼尼勃，众神的王子是恩努基。智慧之神埃阿也和他们坐在一起，他把他们的话转告给茅屋：哦，茅屋啊茅屋！哦，墙垣啊墙垣！哦，听着，茅屋！哦，用心听，墙垣！哦，述利帕克的人们啊，乌巴拉图图的子孙啊，拆掉你们的屋子，建造起一艘大船，抛弃你们的财产，关注自己的生命吧！离开你们的神，拯救你们的生命，带上各种生物登上船去吧。至于你们要建造的那艘船应该非常匀称，它的宽度和长度应该彼此比例适当，然后你们把船放到辽阔的大海上。