秘鲁的印加人也有一个洪水传说。他们说，大水涨得比世界上最高的山峰还要高，所有的人和所有的生物都死去了。只有一个男人和一个女人得以逃生，他们躲进一个箱子在水面上随波逐流，因而活下来了。当大水消退下去时，风把箱子和里面的两个人吹到了距离库斯科约七十里格的蒂亚瓦纳科。
秘鲁的大洪水传说是西班牙历史学家埃雷拉讲述的，他说：“古代印第安人从自己祖先的口里转述道，在印加人出现之前很久，当地人口稠密，后来发生了一次大洪水，海水漫过堤岸，整个大地被水淹没，所有的人都死了。生活在沙乌沙溪谷的贯卡人，以及科拉奥省契库伊托地区的人对此补充说，有些人躲在最高山脉的山洞和地穴里，后来重新回到当地居住。另外一些山地人断言说，所有的人都死于洪水，只有六个人在筏子上生还，当地所有的人都是由他们传下来的。完全可以确信这里发生过有点特别的水灾，所以这几个省份对此的说法都大同小异。”
在一度曾是玻利维亚东南部强大的印第安部落的奇里瓜诺人中间，存在着如下的大洪水故事。他们说有一个强大而邪恶的超自然生物名叫阿古阿拉通帕，他宣布向奇里瓜诺部落的缔造者、真神通帕耶特开火。
他宣战的意图不明，但据认为纯粹出于愤恨和抵触情绪。为了折磨真神，阿古阿拉通帕每年秋初和秋中，都要放火燃烧大草原，这样，印第安人生存所依赖的各种动物和植物、树木都一起毁于大火。因为当时印第安人像现在一样，还没有开始种植玉米和禾本科植物，这样，印第安人失去了所有的食物来源，几乎饿死。但是，他们从火中脱险后，来到河岸边，就在大火烧过仍在冒烟的土地上，在这河岸边，他们到河里捉鱼，靠打鱼勉强度日。眼看作为牺牲品的人很可能会从手中逃脱，阿古阿拉通帕内心苦恼，他使出了另一个手段，以便实行自己反对人类的凶恶计谋。他向大地降下倾盆大雨，妄图将整个奇里瓜诺部落都淹死在水里，他几乎就要大功告成了。但幸运的是，奇里瓜诺人成功地破坏了他的残暴计划。他们按照真神通帕耶特的训诫行事，寻找到一片大的马黛茶树叶，里面放着两个婴儿，一男一女，出自同一个母亲，他们让这只小方舟载着它珍贵的客人在水面上漂流。大雨如瀑布般倾泻而下，水面急涨，淹没了整个大地，所有的奇里瓜诺人都丧生了，只剩下在马黛茶树叶上的两个婴儿活了下来。
无论如何，最后雨停了，水退了，留下一大片浩瀚的发着恶臭的淤泥。孩子们现在从方舟里出来，如果他们再呆在那里，就会冻死和饿死。当然，鱼和其他水里的生物并没有在大洪水里死去，相反，它们在水中长得很旺盛，而且现在真的可以成为两个孩子的食物。但是婴儿怎么来烧熟他们捉到的鱼呢？那就靠摩擦，因为经历大洪水之后地球上所有的火当然都已经熄灭了。就在此时一只大蛤蟆跑来帮忙。在洪水淹没整个大地之前，这只深谋远虑的动物预先躲进了洞穴，嘴里叼着一些烧红的煤炭，它在整个洪水期间都一直向它们吹气，设法使它们保持不灭。当它看见地球上已经又变干了，就嘴里含着燃烧的煤炭跳出洞穴，直奔两个孩子，给他们带来了火的礼物。于是孩子们就能够烧熟捕来的鱼和温暖自己冻僵的身体了。时光流逝，孩子们长大了，他们的结合又生下了整个奇里瓜诺部落的人。
位于南美洲最南端的火地岛土著人讲的是一个古怪而难以理解的大洪水故事。他们说，太阳沉没在海里，海水喧嚣着涨上来，整个大地都没入水中，只剩下一座极高的山峰，少数几个人在那里找到了避难所。
13．中美洲和墨西哥的大洪水故事
巴拿马和尼加拉瓜的印第安人讲述的故事墨西哥人的大洪水传说米却肯人的大洪水传说墨西哥的惠乔尔印第安人讲述的故事墨西哥的科拉印第安人讲述的故事巴拿马地区的印第安人那里“有关于挪亚时代洪水的某些印象，他们说，曾经有一个人和他的妻子、孩子乘独木舟逃生，后来就由他们生下了住在地球上的所有人类”。尼加拉瓜的印第安人相信，自从创生以来世界曾遭洪水毁灭，而神又在世界遭破坏后重新创造出人、动物和其他一切。
意大利历史学家克拉维盖罗说，“墨西哥人和其他所有文明民族一样，有一个明确的、虽然有些受到虚构歪曲的关于创世、世界性洪水、语言混乱，以及人类散居各地的传说，而实际上所有这些事件都再现在他们的民族画面里。他们说，当人类淹没在洪水之中以后，只剩下一个名叫科克科克（另一些人叫他特奥西帕克特里）的男人，和一个名叫科契奎扎尔的女人，他们在一只小船上保住了性命，后来在名为科尔华堪的山上登陆，在这里生下很多孩子。这些孩子生来就是哑巴，后来有一只鸽子从高树上飞来，教会了他们说话，不过这些语言分歧如此之大，使他们无法相互理解。特拉斯卡拉人声称，从洪水中逃生的人变成了类人猿，但渐渐地又重新学会了讲话和思考。”