其实严格来说还有一个部门也独立于三省六部，那就是皇帝的秘书处，这是个隐匿的部门，并不为世人所知，当然，朝廷大员是知道这个部门的。
这个部门规模不大，只有几个人，以前一直由郭攸之负责，主要职责是帮助皇帝处理文书。现在郭攸之升任阁老，而且将大部分政事交给内阁后，皇帝要处理的事情少了很多，所以这个部门的规模也缩水了，重要性也降低了。
郭攸之高升后，秘书处就由诸葛望担任秘书长。在灭吴一战中，诸葛望的表现虽然没有司马懿那么老辣，但是，年纪轻轻能有这样的表现算是很不错的了。
于是，战后刘厚就将他调到秘书处工作，算是重点培养对象了。秘书处的其他成员也基本上是一些权贵子弟。千万别小看这个秘书处，这是亲近皇帝的地方，说不定将来的阁老就是从这里诞生的。
将一干机构设置完毕后，刘厚又可以偷懒做甩手掌柜了，不过这一次，机构改革带来的混乱明显比上一次强烈多了。
这次的混乱不但发生在朝堂上，还蔓延到了民间。朝堂上的混乱是意料中的事情，而且这种混乱并不是短期的，而是中长期的，必将持续几个月甚至一年时间。
那些去到新岗位的官吏，起码要用几个月到一年时间才能适应他们的新工作，甚至有一些官员始终无法适应新工作，最终只能被调整岗位。
在朝廷实施机构改革后的两三个月，民间也乱象渐生。当然，民间的混乱并不单是因为官府的管制不力，更多的原因是，大汉的社会正处于剧烈的转型当中。
过去的天朝是一个纯粹的封闭型的农业社会，由于刘厚带来了一系列的技术革新，一部分新技术已经扩散到民间，导致了民间出现了大量的手工业者，还有一些小作坊，社会正急剧地从农业社会向半农业半手工业社会转变。
当然现在离什么大工业化生产、工业革命那些东西还远着呢。虽然离大工业化生产很远，但是，大量的小作坊生产依然引起了社会的急剧变化。
由于生产工业品产生的利润远大于农业生产，在利益的驱动下，大量的农民抛弃土地，转为手工业者。
再者说，以前的天朝封闭性很高，就算生产出商品也没地方卖，这样一来，商品生产得越多就越亏。但是现在不同了，随着三个方向大军的推进，意外地打通了到西域的商路。
中原生产出来的商品可以通过丝绸之路源源不断都输出到西域，继而到中东地区，再往西方转运。一个广阔无边的市场呈现在大汉商人面前，这个广阔的市场似乎多少商品也填不满。
出口商品带来了大量金银，也带来大量的西域商品，但却不能带来粮食。没有那个商人那么傻，千辛万苦穿越万里运输粮食这种低价值的东西来中原贩卖。
大量人口从事手工业，带来的最大影响就是，大量土地被丢荒，粮食生产不足。粮食短缺，粮价必然会上涨，继而有发生饥荒的可能。