在突围无果之后，明军只能固守合州待援，袁宗第对将士说，合州若失，川东必危，而川东一失，则国朝西南门户大开，楚地易受金军危险。
说得严重一点，明朝好不容易获得战略主动又将失去，变得十分被动。
如果丢了四川，明朝的处境就像被一把尖刀顶在了腰眼子上，北伐将遥遥无期，因为北伐必然是几路同时出击，而四川一失，湖广的明军就不敢动，江淮明军孤军北上，无疑只会被清军暴揍。
若是两路齐出，大军北上，那江南空虚，四川金军若是顺江而下，不就是一刀捅在明军腰上了么。
袁宗第决定与城共存亡，而且金军突然从围困变成进攻，也让他察觉到了，是不是外面发生了什么变化。
残酷的合州攻防战，随即打响，明军连续打退金军进攻，每天都给金军造成大量伤亡，可是时间到十月底，明军便也有些承受不住了。
四川号称天府之国，盛产粮食，但是并非每个地方都盛产粮食，四川的产粮区主要被金军控制，而川东以丘陵山地为主，粮食十分有限，军队的粮食都是从外面调入四川。
入川的道路难行，所以明朝每次运入的粮食都十分有限。
合州原本驻扎一万人，有三月之粮，可是袁宗第带着人马过来后，人多了，粮食自然就不够吃了。
从九月底到十一月间，合州城的粮食很快就被消耗干净，而重庆又无法向合州运粮，明军的处境，立刻就危机起来。
合州是坚城，可是自从火炮出现之后，严格意义上的坚城便不存在，就在城中陷入粮食危机之时，经过一个多月的炮击，合州西城终于被金军轰塌。
一时间，合州立刻内忧外患，合州被围两个多月之后，城中已经到了，杀人而食，拆屋而炊的地步。城中军民处境十分艰难，不少人为了不被饿死，从缺口中逃出。
此时，豪格已经收到了吴三桂的消息，知道何腾蛟到了佛图关，孙可望去了川南，他立时觉得时间紧迫起来，而两个月的围城，已经让他损失了两万将士，金军的承受能力也快到了极限。
这时随行大学士韩朝宣随即建议豪哥再次招降，并善待逃出城来的军民，豪格采纳了意见，给逃出城来的百姓吃食，并让他们写信射入城中，或是在城下大喊，叫城中亲人出来。
十一月二十五日，城中从百姓出逃，变成了军队出逃，振威营一个千户趁着夜晚，领着三百人逃出城中向豪格投降，立刻被授予游击一职。
二十八日，奉义营同知又趁着城中火起，带着一百多人出降。
袁宗第见城中粮尽，老鼠都被吃了个干净，军心已经糜烂，而援兵久久不至，随于三十日夜，再次分路突围。
结果只有江天一等极少人逃出，振威营指挥吴毅山被鳌拜射死，大军又退回城中。
次日，豪格发动总攻，振威营同知陈科叛乱献城，金军一拥而入，合州失守。副将吴易身中三箭，退回府衙，自焚而死，袁宗第突围至南门，金军堵住城门，他领兵冲杀三次，斩杀百人，然兵塞不能出，被乱刀砍死。
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