三日后的三月十六日清晨，满城的百姓都涌上街头看大奸臣刘瑾被凌迟，从清早起，坊间便有爆竹声响起，热闹的就像过年过节一般，人们纷纷涌在街道的两旁，等待着刘瑾囚车的经过。当游街的囚车经过几条主要的街道时，街道两旁的百姓们将手中的泥块石块烂菜叶臭鸡蛋雨点般的砸向刘瑾的囚车，场面一度失控，最后不得不出动官兵举着长鞭子在街道两旁抽打百姓，才保证囚车在午时之前抵达城西刑场。
所谓凌迟之刑便是用刀子一条条将身上的肉割下来，这一回刑部请了最好的行刑刽子手，据说可以片下可以透光的肉片，可以凌迟数千刀而人不死。
午时起行刑开始，绑在木柱上的刘瑾口中塞着布条，手脚呈大字型捆绑，全身上下只穿着一条短裤；行刑刽子手用咸盐水浸泡好薄刃尖刀从刘瑾肥腻的大腿上开刀，手法伶俐的割下了一条血淋淋的大腿肉，在盐水中漂净之后撑开，果然名不虚传，几乎呈半透明状。围观百姓掌声雷动，赞叹其技艺超群，没有人在乎绑在柱子上的刘瑾痛的死去活来的情状。
第一日，一千一百二十三刀，两条大腿外加胸前部分的肉都被割得差不多了了，不知是刘瑾生命力顽强，还是刽子手的手段高超，押回牢房之后用，刘瑾居然喝了半碗稀粥。
第二日，一千零八十九刀，手臂和后背的肉都被割了个七七八八，刘瑾再也撑不住了，押会监牢后于当夜断了气。
第三日，已经死去的刘瑾依旧被押往刑场，刽子手用了一千一百四十五刀，仔仔细细的将他身上剩下的完好部分的肉尽数割下。
三天时间，足足用了三千三百五十七刀才完成了凌迟之刑，割下的皮肉一条条搭在刑场一侧的松木横杆上，受过刘瑾迫害的官员家属们纷纷向刽子手讨要刘瑾的肉，刽子手生财有术，居然兜售起来，只是价格太低，每条肉只有一文钱，刘瑾全身上下的肉卖光了，却只值三两银子。
刘瑾既伏诛，刘瑾一党的众多官员的下场也可想而知，焦芳、顾佐自然是跑不掉的，虽然他们并没有参与谋反之事，但因依附刘瑾干了不少勾当，自然难逃刑罚；内外廷刘瑾党羽被杨廷和一网打尽，砍头下狱抄家发配一条龙服务，数十名官员人头落地，其中包括内廷刘瑾的铁杆高凤魏彬等人；京内外上百名官员遭受牵连，不少人主动自首，攀咬他人，以期减免罪责。
一时间，京城中捕快四出，官差奔走，一长串一长串的官员及其家属被缉拿归案，一长串一长串的人被押解出京远赴边镇充军，初始百姓们还兴奋的议论纷纷，不久之后便人人侧目，觉得胆战心惊了。
闹哄哄足足半个月之久，才算安定下来，随着李东阳王鏊两位内阁阁老的致仕，朝臣们一下子便将注意力集中到了一件事上，那便是大清洗之后的外廷诸多职位空缺，正是谋求上位的时候。
杨廷和府邸前门庭若市，稍有头脑的人都知道，外廷如今是以杨廷和为首，焦芳下狱后杨廷和又兼任了吏部尚书之职，所有的官员的任免都要经过杨廷和的首肯才成。杨廷和动作迅速，在他的举荐之下，内阁六部来了个大换血。
经他举荐，梁储、刘忠、费宏、靳贵等几个名不见经传之人忽然上位，分别被授予大学士之职进入内阁供职，这几个看似和杨廷和毫无干系，但细究之下却发现他们有个共同的经历：都曾经和杨廷和在翰林院共过事，如今也都分散在各部各科担当副职或部门职位，说起来倒也是经验丰富年富力强的官员。六部中，除了保留陆完的兵部职位之外，其余五部尚书也尽数换人，吏部尚书刘机、户部尚书何鉴、礼部尚书费宏兼任、刑部尚书刘璟、工部尚书李遂等都是杨一清提名认命的新人。
当一切尘埃落定之后，众人赫然发现，原来刘瑾倒台之后，最大的受益者居然是外廷，准确的说是杨廷和；几乎所有重要职位的人都是杨廷和一手安排，新任内阁首辅牢牢地将外廷抓在了手里，攥成了一团。