?约瑟夫·赛利格曼死后，他的弟弟杰西·赛利格曼成了家族银行的新掌门。随着1869年苏伊士运河的开通，用运河连接两大洲的想法变成了现实。一个具有重大战略价值的构想随即出台——在加勒比海地区的巴拿马开凿一条巴拿马运河，把大西洋和太平洋连接在一起，将大大缩减从太平洋到美国东海岸的运输间隔和时间。毫无疑问，这一设想具有重大战略价值。
?杰西·赛利格曼就是项目的主要推手，他帮助筹建起法国巴拿马运河公司来具体运作此项目，赛利格曼银行负责公司的股票发行。当时的法国公司极其渴看用赛利格曼家族品牌进行融资，不惜一次性支付30万美元作为特殊的品牌使用费。巴拿马公司的承销团很快在美国建立起来，赛利格曼、左格索、摩根联手作美国股票发行的承销商。在法国负责销售的是赛利格曼的法国分支和巴黎银行。
?最初估算建造运河的本钱为亿美元，股票发售总额将达到6亿美元，资金看起来绰绰有余。运河建成后回法国政府来治理。当然此事在美国国内引起了轩然大波，很多人批评该项目引进了欧洲的强权，控制了至关重要的水道，批判赛利格曼出卖美国利益。另一方面，美国多年以前就想在中美洲的尼加拉瓜修建运河连通两大洋。从地理位置来看，尼加拉瓜间隔美国更近，假如通过尼加拉瓜湖建立连通水道，更合乎工程建设的实际考虑。在1873年经济危机之前，一直有美国公司在做前期的勘探工作，只不过危机使整个项目陷进了停顿。此时这两个项目方案不相上下，变成了重大的政治题目。
赛利格曼和摩根家族力挺巴拿马运河方案，美国部分媒体开始痛批他们把美国利益出卖给法国，另外有些人声称这是犹太人的一种阴谋。赛利格曼在纽约报纸上声称，这是一个私人项目，完全跟国家没有任何关系，而且公司的运作将会得到上好的回报，加之工程中的机器设备都将从美国购买，将确保美国的最大利益。随后，著名的法国英雄德·勒瑟普被隆重推出为修建苏伊士运河的负责人。由于是德，勒瑟普主持修建工程，巴拿马运河公司股票在法国销售完全没有碰到题目，在美国市场也卖得一帆风顺。最初的股票发售还被逾额认购。
开挖工作即将开始，德·勒瑟普一开始决定修建一座与海平面同等高度的运河，这样就不必使用船闸，大约需要7年左右的时间。他和工程师们已经考察了当地的山区和峡谷，包括瀑布等等自然环境。1884年，尼加拉瓜政府和美国签订了运河条约，假如顺利建成，中美洲将会出现两条平行的运河。运河开挖之后，德·勒瑟普很快碰到诸多意想不到的困难，觉得不得不新建船闸，两边水位之间可能会有落差。在船闸题目上，他又挣扎了2年多时间，最后经过了9年的建设，花光了4亿美元的用度，足足是当初预算的4倍。但是运河工程连1/3都没有完成，整个项目陷人了严重的困境。法国英雄被解雇回家了，美国国会开始组织委员会调查，为什么美国投资人花了这么多钱，在运河上遭受了这么大损失，而像赛利格曼和摩根这样的银行家却通过股票承销赚了这么多钱。委员会经过调查，发现杰西·赛利格曼原本打算安排自己的老朋友、前美国总统格兰特担任运河委员会的主席，工资是年薪万美元，但是格兰特拒尽了这个职位，于是杰西找到了哈耶斯总统的海军部长汤普森。汤普森辞往海军部长职务，接受了这个工作。
调查还发现，赛利格曼还跟众多机器设备商达成了各种协议和合同，这些都构成了国会调查中的利益冲突题目。在接受调查的时候，参议员询问杰西.赛利格曼，为什么汤普森这样的人会被选为运河委员会的主席：“他并不是一个伟大的金融家，对吗？”杰西回答说：“不，但他是一个伟大的政治家和律师。”参议员接着问：“你曾经把这个位置提供给格兰特将军，他是个伟大的战士和一个大众崇拜的偶像，但他不是一个伟大的律师或者金融家，或者伟大的政治家，对吗？”赛利格曼平静地回答：“格兰特将军是我的一个非常要好的朋友，我永远都会特别照顾我的朋友。”
汤普森作为海军部长，在约瑟夫往世后几天，给杰西写了一封信，赛利格曼希看将这封信加进调查的材料中。该信提到：“在我的官方任职期间，我有幸比较了解约瑟夫的个性，我与你们家族银行的第一次接触就是通过他，时间在1877年夏天，当时海军部正好在我的治理之下。彼时海军部的财务状况让人尴尬，主要是欠了贵家族银行几十万美元的债务，而且债务数目不断增加。当时海军部无力偿还整个债务，甚至清还其中大部分都是不可能的，此事已经给政府造成极大的困扰和尴尬，也对海军部的服务产生了相当严重的影响。当约瑟夫.赛利格曼了解到这个情况之后，他立即建议把全部债务展期到下一个财年，并且答应（海军部）继续借债。他的提议非常具有爱国主义精神。我当时布满了感激，接受了他的提议，这样我们的海军部才度过了最为困难的时期。”
这个条子写得及时而有力，拯救了处于***困境中的赛利格曼。终极国会调查没有发现赛利格曼等人有什么错误行为，但此事对赛利格曼家族的声誉和华尔街的形象造成了严重的负面影响。于是国会决定立即开始修建尼加拉瓜运河。