至正十五年（1355年）战局有所转变，刘福通先立韩林儿为帝，都亳州（今属安徽），其后数战后，击败答失八都鲁的军队，并展开反攻，甚至逼近大都，南方红军则在湖南、湖北获得胜利，朱元璋则继承了病逝的郭子兴的地位，并渡长江占领集庆（今江苏南京）。至元十七年前（1357年）前后，在北方以察罕帖木儿、孛罗帖木儿、李思齐等为首的元军将领（但当时已不听中央号令各自为政）开始对北方红军展开反攻，红军内部也发生争执分裂，势力渐弱，1363年，北方红军在安丰（今安徽寿县）之役中败给新兴并降元的张士诚，刘福通战死，韩林儿投奔朱元璋，随后被杀，南方红军将领陈友谅则于1360年杀徐寿辉自代。此后各群雄互相争战，已渐失去原本红巾军的性质。
3红巾军军歌
云从龙，风从虎，功名利禄尘与土。
望神州，百姓苦，千里沃土皆荒芜。
看天下，尽胡虏，天道残缺匹夫补。
好男儿，别父母，只为苍生不为主。
手持钢刀九十九，杀尽胡儿方罢手。
我本堂堂男子汉，何为鞑虏作马牛。
壮士饮尽碗中酒，千里征途不回头。
金鼓齐鸣万众吼，不破黄龙誓不休。