但是一场可怕的灾难结束了这一黄金时代。大洪水毁灭了这里所有的生物，只有蒙提祖马和他的朋友郊狼得以逃生。因为在水开始上涨之前，郊狼就提醒洪水将至，而蒙提祖马接受了警告，挖空一根树干为自己做船，并把它搁在圣罗莎山顶上备用。郊狼也为自己准备了方舟，它咬断岸边的一段大藤蔓，钻到里面，并用树胶涂抹缝隙。因此，当水涨高时，蒙提祖马和郊狼都在水面上漂流，从而救了自己；而当洪水停止的时候，人和动物在已经干了的地面上相会了。蒙提祖马急着了解洪水过后还剩下多少干地，就派郊狼去探看。郊狼报告说，向西、向南、向东，都是一片汪洋，唯有朝北行，尽管一路跑得非常疲惫，但它仍然没发现大水。与此同时，伟大的神灵在蒙提祖马的帮助下重新让人和动物住满了大地。
与帕帕戈人相邻的部落皮马人说，大地和人类是某位乔沃特马赫克即“大地预言家”创造的。创造者有一个儿子，名叫舍乌克哈，当大地上的人口还不太多的时候，他住在希拉山谷。当时在这个山谷里还住着一个如今已不知其名的大预言家。有一天夜里，这个预言家已经睡下了，一阵敲门声将他吵醒。他打开门，站在面前的不是一只大鹰还能是什么呢？
鹰对他说：“快起来，你看，洪水马上就要来了。”然而这预言家轻蔑地嘲笑大鹰，裹好他的长袍，重新入睡。鹰再次跑来警告他，但他仍然只当耳边风。第三次，忍耐已久的鸟儿向预言家发出警告，整个希拉山谷都将被水淹得一片荒芜，但这个愚蠢的家伙仍然对此警告充耳不闻。就在这天夜里，洪水发作了，第二天早晨已经看不见一个活着的生物了，只有一个人（假如他真的是人的话）还活着，他就是创造者的儿子舍乌克哈。他坐在树胶或松香球里漂浮在水面上，从而保全了生命。当洪水消退后，他在索尔特河口附近上了岸，并在这里的山洞里住下了；这个山洞以及舍乌克哈住在里面时使用的工具，直到现在还存在。由于某种原因，舍乌克哈对大鹰非常生气，尽管这只鸟警告过预言家，让他从洪水中逃生。于是他用绳梯爬上鹰居住的悬崖，发现它在巢里，就杀死了它。他在巢里及其周围发现了被鹰拣来啄食的大量散乱腐败的人的尸体。他让这些人复活并把他们带走，让他们重新住满大地。
在加利福尼亚的圣胡安卡皮斯特拉诺附近居住的阿卡格切门印第安人，“并非完全不知道世界性大洪水，但我一直不明白，他们是如何以及从哪里得知这些情况的。在他们的某些民歌里提到洪水。他们也传说在很久很久以前，海水开始上涨并席卷平原，灌满山谷，直到淹没山脉；几乎所有的人类和动物都死于非命，只剩下几个人，他们到海水还没有淹没的一座很高的山上去避难”。
的高山并淹死了大多数人。不过有几个人在波恩萨尔城附近的一个小丘上找到了避难所。西班牙人叫这个地方是莫拉，而印第安人叫它卡图塔。
只有这个圆丘还暴露在水面上，其他所有的地方都淹没了。幸存者呆在这里，直到水退。你至今还能在这小丘顶部看见一堆堆海贝和海藻、还有灰烬、石块，放在一起，意味着印第安人曾在这个地方烧煮食物。这些贝壳是他们食用水生甲壳类动物所留下的，灰烬和石头是他们烧火处的遗迹。讲叙这个传说的作者补充道，“在德尔马附近的山丘上，以及在沿海岸的其他地方，有许多海贝类甲壳堆，现在海滩上仍能发现它们，一堆一堆的，很多。”这些安卢伊塞诺人至今在唱一支洪水歌谣，其中提到卡图塔山丘。
一个住在加利福尼亚史密斯河沿岸部落里的印第安女人，讲述过如下的洪水故事。有一次，降下了倾盆大雨。大雨延续了很长时间，水一直涨到所有的山谷都被淹没，印第安人退到了高地上。最后，他们全都被水冲走，只剩下一对夫妻，他们逃到一处最高的山峰上并因而获生。他们靠捕鱼维持生命，将捕来的鱼放在臂膀下烤熟。他们没有火，也无法取得火，因为一切东西都太潮湿了。最后，水退下去了，从这对唯一的夫妻那里传下了现在所有的印第安人。当印第安人死去后，他们的灵魂的形状是鹿、麋、熊、蛇、昆虫等等，就这样，地球上重新住满了各种各样的动物和人。
据路易斯安那的早期法国历史学家杜普拉兹说，居住在密西西比河下游的印第安部落纳切斯人中也流行大洪水传说。他对我们说，他曾就这个话题询问过以虔敬之心关注、守护长明圣火的守庙人。守庙人答道：“古训告诫所有红皮肤的人说，几乎整个人类都死于一次洪灾，只有很少一些人因为逃到极高的山上而得以幸免，这些人后来又重新住满大地。”
杜普拉兹补充道：“因为其他一些部落对我讲过同样的事，使我确信所有的土著人对该次事件有相同的观念，他们没有任何关于挪亚方舟的记忆，这并没有使我感到非常惊讶，因为甚至博学多识的希腊人对此也没有更多的了解，而我们自己假如没有《圣经》的话，可能也不会知道得比印第安人更多。”在另一个地方，他更彻底地报告了该传说：“他们说，大雨降落到地球上，雨量非常多，时间延续得非常长，直到地球被完全淹没，只剩下一处极为高耸的山峰上还有少数人在那里躲过一劫；地球上所有的火都熄灭了，一只名叫科维奥维的全身红色的小鸟（在路易斯安那它称为红衣主教鸟），从天上带来了火。就此我明白，他们已经几乎忘记了洪水的整个历史。”